低危型感染主要引起各种生殖道的疣，例如尖锐湿疣等。对于小的病灶，可以用冷冻、激光，或者病灶涂抹咪喹莫特乳膏、三氯醋酸溶液、鬼臼毒素软膏等。其中咪喹莫特乳膏是一种免疫调节剂，能够激活细胞免疫，间接起到杀灭病毒的作用，是目前全世界比较推崇的治疗方法。
如果生殖道疣的病灶体积比较大，那么单用药物治疗效果不好，一般先手术切除(可以用电刀或者冷刀)，然后残留的病灶可以用药物继续清除。
高危型 HPV 病毒感染的治疗
高危型病毒具有癌基因组 E6 和 E7，有可能整合进入人体细胞造成癌变(当然，这是小部分感染者)。发现 HPV 高危型感染后，要通过 TCT、阴道镜、活检等手段确认是否人体组织发生了病变(各种癌前病变或癌)。在妇产科领域，外阴、阴道、宫颈都可能感染 HPV 而发生癌前病变，尤其宫颈更多见。
如果经过组织活检发现出现 CIN1 级(宫颈上皮内瘤变 1 级)，那么通过激光、微波等物理治疗即可;如果病变进一步升级到了 CIN2 级，那么单纯的物理治疗已不足够，需要采用宫颈环形电切术;病变进一步进展到了 CIN3 级，那么需要做宫颈锥切术来判断有没有更严重的病变了。外阴和阴道的癌变病变比宫颈少见，治疗方法通常采用手术切除。
以前很多医生会使用干扰素、中药等来治疗 HPV 感染。在最新的世界各国的治疗指南中，干扰素已经不作为推荐药物，原因是其副作用比较多、临床有效的数据也不充分。而中医中药，真正有说服力的实验数据更加缺乏。现在市场上还有一些宣称“快速根治 HPV 感染”的药物，也多不可信。
